Die erste Kirche in Niederachen wurde 1496 geweiht bevor das aktuelle Kirchengebäude zwischen 1696 und 1698 errichtet wurde. Bei Restaurierungsarbeiten wurde eine Kapsel gefunden, auf deren Pergament ein Hinweis auf Bernardus II., Propst von St. Zeno, als Erbauer der Kirche zu finden war. Votivbilder im Inneren der Kirche weisen darauf hin, dass die Frauenkirche in Niederachen ein beliebter Wallfahrtsort war. Baumeister der Kirche war vermutlich Simon Pöllner aus Trostberg, Stiftsmaurermeister des Kloster Baumburg.